Hathajoogalla voidaan vaikuttaa positiivisesti ihmisen ns. terveyskuntoon, joka käsittää kestävyyskunnon, tuki-ja liikuntaelimistön kunnon, motorisen kunnon sekä kehon koostumuksen. Toisin sanoen, hathajooga parantaa hapenottokykyä, liikkuvuutta, notkeutta, voimaa ja tasapainoa, olematta kuitenkaan rankka aerobinen liikuntasuoritus.
Asanoita, eli erilaisia asentoja tehdään hengityksen tahdissa,
”hengitys kuljettaa liikettä”, ja asennoissa edetään enemmänkin syvästi venyttäen, tunnustellen, omaa kehoa kuunnellen ja kevyesti lihaksia vahvistaen.
Hathajoogaa voi ajatella ihmisen psyykkistä, fyysistä sekä henkistä hyvinvointia kokonaisvaltaisesti huomioivana vaihtoehtoisena hoitomuotona.